Yapılan vergi incelemeleri neticesinde bazen vergi kaybının doğduğu bazende vergi kaybının yanında vergi suçu işlendiği sonucuna ulaşılmaktadır. İncelemenin konusuna göre değişmekle beraber iddia ve karşı iddiaların (savunmaların) delillendirilmesi yani ispat yükü bazen inceleme elemanında bazen de mükellefte olmaktadır. İnceleme elemanının iddiaları karşılığında mükellef kabul edilebilir bilgi ve belgeler sunabilirse inceleme elemanın ya durumu kabul etmesi gerekmekte veya kendi iddiasını güçlendiren yeni veriler bulması gerekmektedir. Örneğin sahte belgeyi mükellefin bilerek kullandığı yönünde iddiada bulunan inceleme elemanına karşı mükellef muvazaadan arî olarak fatura bedelini ödediğini kanıtlar ise ispat yükü inceleme elemanı üzerinde kalmaktadır. Sonuç olarak durumun özelliğine göre ispatla yükümlü olan taraf değişmektedir. Ancak yargı organlarının çoğunlukla ispatla yükümlü olarak idareyi ve inceleme elemanını görmesi kanaatimizce kabul edilebilir bir durum değildir, kanaatimizce iddianın özelliğine göre ispatla yükümlü tarafın belirlemesi gerekmektedir. İddianın veya savunmanın, normal ve mutad olan hangisi ise o tarafın ispatla yükümlü olmayacağı (veya tam tersinin) Vergi Usul Kanunu 3'üncü maddesinde açıkça belirtilmiştir.
Bilindiği üzere zamanaşımı, hukuk literatüründe "alacak hakkının dava ve takip imkânının ortadan kalması" olarak tanımlanır. Kanunlarda belirtilen zamanaşımı süresi, taraflar açısından bazen hak düşürücü süre olurken bazen de hak kazandırıcı süre olmaktadır. Örneğin Borçlar Kanununa göre sözleşmeden doğan alacaklarda zaman aşımı süresi on yıldır. On yıldan sonra bu alacağın dava ve takip yoluyla istenmesi mümkün değildir. Hak kazandırıcı zamanaşımına örnek vermek gerekirse, Türk Medeni Kanunun 712'inci maddesinde "Geçerli bir hukuki sebep olmaksızın tapu kütüğüne malik olarak yazılan kişi, taşınmaz üzerindeki zilyetliğini davasız ve aralıksız olarak on yıl süreyle ve iyi niyetle sürdürürse, onun bu yolla kazanmış olduğu mülkiyet hakkına itiraz edilemez." denmiştir. Burada da on yıllık sürenin hak kazandırıcı bir süre olduğu ve bu süre sonunda mülkiyet hakkının kazanıldığı ve de itiraz edilemeyeceği belirtilmektedir. Ancak mevcut kanuni düzenlemeler alacaklı tarafın hakkını korumak için zamanaşımını sadece süre olarak belirlememiş ayrıca bazı durumlarda zamanaşımın kesilmesi ve yeniden başlamasına ya da durmasına imkân sağlamıştır. Örneğin alacaklı mahkemede dava açmışsa, hakeme müracaat etmişse, icra takibinde bulunmuşsa veya iflas masasına başvurmuşsa, zamanaşımı kesilmiş ve süre tekrar başlamış olacaktır.